発売日

1999年12月16日

メーカー

スクウェア

前作の事件から3年後の西暦2000年。全米各地では散発的にN.M.C.(ネオ・ミトコンドリア・クリーチャー)発生事件が相次ぎ、しかし確実に減少、縮小傾向へと向かっていた。 マンハッタンでの事件後、アヤ・ブレアは超人的な「ネオ・ミトコンドリアの能力」により周囲から孤立し、空虚な生活を送っていた。ニューヨーク市警を辞め、アメリカ各地に出現するN.M.C.討伐を生業とするFBIの特殊機関「M.I.S.T.」へ異動し、N.M.C.ハンターとして活動していた。